市外局番と有料道路
掲載当時のタイトルロゴは、タイトルの「1000年女王」を大きくとり、台形を逆さまにしたような形のデザインの上に尾を引く流星が描かれ、尾の中に「新竹取物語」と副題が書かれていた。この副題にあるように、モチーフは『竹取物語』（かぐや姫）である。松本によれば、本作を連載する6、7年前に描いていた漫画『ダイバーゼロ』の「金星の1000年女王」というサブタイトルの回で1000年女王というキャラクターを登場させて以来、いつか長編にしようと構想を練っていたという[2]。1978年から1980年にかけてヒットした『銀河鉄道999』を受けて、フジサンケイグループと東映が松本に原作を提供してもらい、産経新聞では漫画連載、フジテレビでは『999』の後番組としてテレビアニメシリーズ放映、映画版公開時にはニッポン放送でラジオドラマ放送など、グループを挙げての盛んなメディアミックス展開を行なった。映画版は、後に多くのアニメの製作で行なわれることとなる製作委員会方式の先駈けである。しかし、先に『宇宙戦艦ヤマト』『999』で爆発的なブームを巻き起こしていた松本アニメブームはこのとき既に陰りを見せており、アニメファンの注目は同時期の『機動戦士ガンダム』へ移行し、『999』ほどの人気は得られずにこのプロジェクトは終了した。
本艦はハーロックの分身のようなもので、搭載されているコンピューターにはハーロックの戦法やそれに基づくアルゴリズム（思考手順）がインプットされている。このコンピューターはいわば本艦の心臓部であり、内部から破壊されることがないよう、その中央コンピューター室は侵入者に備えて探知ビームが張られている。銃や爆発物を持っているとセンサーがその反応を捉え、それに連動したレーザー砲が侵入者に対して容赦なく攻撃を加えるが万一コンピューターが破壊された場合、本艦の自爆装置が作動する。人格を瞬時に電子データに変換し、アルカディア号の中枢大コンピューターへ伝送するシステムを備えている。『SSX』では、死期を悟ったトチローが本艦内のベッドに横たわり、自らレバーを引いて自分の人格（魂）を伝送しているが、『999』劇場版1作目では、機械伯爵の情報を聞きに訪れた星野鉄郎の手により自分の人格を伝送してアルカディアの心となったとされており、詳細が異なる[2]。『ハーロック』漫画版や『999』劇場版に登場している、ヘビーメルダーでトチローの墓近くに埋没している艦は本艦であるが若干デザインが異なっている。同作品でのハーロックの弁によれば、トチローと生涯を賭けた夢を追っていた時に乗っていた艦とされる。
※車両性能については999号#その他の車両を参照のこと。 なお『銀河鉄道物語』では、マゼラン・エクスプレスとして323号が登場する。『銀河鉄道大時刻表』では、8月1日・11日・21日に、大マゼラン駅〜小マゼラン駅間で宇宙修正・エネルギー架線などの修正工事のため、始発から12時まで全列車が運休する。但し工事期間中には特急・急行列車は運転されない。また、工事期間中は代行輸送として臨時急行列車（路線運休であるため、別の路線を走行する可能性が高い）やスペース・ハイウェイ・バスが運転されることが記載されている。謎の外銀河線（なぞのそとぎんがせん）とは、松本零士作の漫画・アニメ『銀河鉄道999』に登場する架空の鉄道路線である。オリオンからオクトパス、オクトパスから謎の外銀河を結ぶ鉄道路線で、銀河鉄道株式会社により開発途中のため終点が決まっていない。そのためこのような名称で呼ばれている。 銀河鉄道物語でも外銀河本線という名で登場しており車両も777号が使用されている。
大母星は機械帝国の首都とされる惑星であり、アンドロメダ星雲内の大恒星群の重力バランスの中に存在している。原作と映画2作目では惑星大アンドロメダ、TV版では惑星プロメシュームである。その規模は現代の都市というサイズの概念ではなく、惑星ひとつがまるまる首都となっている。公式サイトなどで紹介される映画2作目のあらすじでは、惑星大アンドロメダとすべきところを惑星プロメシュームと誤記していることが多い。また、『宇宙交響詩メーテル 銀河鉄道999外伝』にもTV版の大母星・惑星プロメシュームと同名の惑星が登場するが、名前が同じだけで両者は別物である。その外観は宇宙及び上空から見ると、まるで大都市の夜景が惑星の地表全体に広がっているように見える。惑星プロメシュームはこれに加え、土星のようにリングがある。この惑星の地表には冥王星同様に機械の体になった人間の「抜け殻」として多数の生身の体が眠っているが、その数は冥王星のそれを遥かに上回る。