銀河鉄道999 (The Galaxy Express 999)と出典・脚注
円谷映像の『レジェンド』公式サイトに掲載されていた（現在は閉鎖）、原作者松本の筆によるwebコミックで彼女が雪野弥生として1001年から2001年の間を地球で暮らしたことを語る場面があったため、後述の『レジェンド』および『宇宙交響詩-』は、原作漫画からの続きとみられる。ラーメタル帰還後は女王となりドクター・バンという男性と結婚、彼との間にメーテルとエメラルダスの双子を儲けている。太陽系を遠く離れて寒冷化してゆくラーメタルの民を救うべく、プロメシュームは苛酷な環境にも耐えられる機械の体になることを決意。彼女は機械化人の科学者ハードギアの言に従い機械化手術を受け、額から肉体の機械化を促進するカプセルを脳に埋め込まれる。だがそれは激痛を伴って肉体を次第に機械の体へと変えてゆくものであり、ハードギアの狙いはラーメタルを機械化して自分の支配下に置くことだった。プロメシュームは増殖していく機械に体を蝕まれながらも、ラーメタルから娘達を送り出すべく999号に向けて救難信号を送る[5]。 母として娘達を999号で送り出すことはできたものの、自身は機械化人となってしまう。プロメシュームは自分との同化を図ってその力を吸収しようとしたハードギアを倒すと彼に代わって惑星の機械化と生身の人間の駆逐を宣言し、機械の女王となる。『レジェンド』から数年後、プロメシュームは惑星ラーメタルと人間の機械化を進めていた。メーテルにメッセージカードを送り、999で帰還した彼女の前に機械化する以前の姿で現れ自分の後を継いで欲しいと頼むが、それは星の内部に眠らせている何体ものクローンを利用した影武者のうちの一体であり、本体はラーメタルの中枢部の機械と一体化していた。プロメシュームは状況や相手に応じて優しい人格を持った個体や冷酷な性格を持った個体を使い分けており、エメラルダスの前にもクローンを差し向けている。
原作者の松本はメーテルに強い思い入れがあり、本作は999とメーテルを主軸とする物語である。松本は本作より後の話となる『宇宙交響詩メーテル 銀河鉄道999外伝』と共に、『新竹取物語 1000年女王』と『銀河鉄道999』のミッシングリンクを埋めるための作品と位置づけている。なお、本作でメーテルの母として登場するプロメシューム（地球名：雪野弥生）は『1000年女王』TV版では死亡しており、映画版は作中のキャラクターから「死んだ」と語られてはいるものの、物語ラストのエンディングにおいて「実は生きていた」ともとれる描写となっているため、生死が判然としていない[1]。生存が確認されている漫画版の最後のコマでのみ「2001年春に地球を去った」と語られていることと、松本の筆により本作の導入部を描いたwebコミックにおいて、プロメシュームが2001年に地球を去ったと語る場面があったことから、本作は漫画版の続きとみられる。1982年の『1000年女王』TV版終了から18年ぶりに潘恵子がプロメシュームを演じた。本作のビデオ、DVD以外では以下の商品が発売された。
天文学会の中には、この再分類に対する抵抗もあった[28]。NASAの冥王星探査機ニュー・ホライズンズの主任研究官アラン・スターンは、公然とIAUの決議を嘲笑し、「技術的な理由から、決議はお粗末なものだ」と述べた[29]。スターンの主張は、地球、火星、木星、海王星は全て軌道を小惑星と共有している[30]ため、新しい定義ではこれらの惑星も惑星ではなくなるというものであった。しかしこの発言は、これらの4惑星を含む、軌道付近の天体を排除している8つの惑星を「明らかに我々の太陽系は含んでいる」とする彼自身の文章と矛盾する[31]。スターンらの行動に対しては、冥王星の「価値が下がった（ようなイメージが広まる）」ことによる冥王星探査計画への予算面での影響を恐れたからだという見方もある。マーク・サイクスは、1万人以上いるIAU会員のうち総会の出席者は2千人余り、最終日の議決に参加したのはわずか424人（賛成票が約9割という圧倒的多数ではあったが）だったことから、この決議は無効だという抗議の意見書を公表した。この意見書には304人の天文学者や惑星科学者が署名したが、その大半はアメリカ人だった。一方、IAUを支持した者もいる。エリスを発見した天文学者マイケル・ブラウンは、「このばかげたサーカスのような手続き全体を通して、何とか正しい答えに巡り合った。長い時間がかかった。科学者は、たとえ強い感情が絡むときであっても、最終的には自らの誤りを正すのだ」と語った[32]。
地球へ妹サーシャを派遣して、ガミラスの遊星爆弾攻撃による放射能汚染で瀕死状態の地球に、超光速外宇宙航行が可能になる波動エンジンの設計図と、放射能を除去することが出来るコスモクリーナーDをイスカンダルまで取りに来るようにというメッセージを送った。サーシャは地球に向かう途中火星に不時着し死亡したが、設計図とメッセージは「宇宙戦士訓練学校」の訓練生古代進と島大介により回収され、地球にもたらされる。サーシャの死により、スターシャはイスカンダル星の最後の住民となる。当初より「はるばるイスカンダルまでやって来させ、あなた方（地球人）の勇気と力を試す」方針のため、ヤマトの航海そのものを物質的に支援することを憚っていたが、ヤマトが不可抗力からマゼラニック・ストリームの異次元断層に落ち込み、偶然遭遇したドメル艦隊に追撃される中、頼みの波動エンジンが機能を失った時に限って救いの手を差し伸べ、次元羅針盤に脱出進路を伝達すると共にエンジン再始動を援助。絶体絶命の窮地からワープによる脱出を可能たらしめた（この次元羅針盤は、その後も何度となくヤマトの進むべき進路を指し示し、航行の一助となった）。最終的にイスカンダルに到着したヤマトに、メッセージの約束通りコスモクリーナーDの部品を渡した。ガミラスによってガミラス本星へ移送途中に遭難した古代守を保護しリハビリに務めさせるうち、2人は恋に落ち、後に娘サーシャをもうけた。